肥肥馆的猪种配种是一个需要掌握特定规则和技巧的系统性玩法。当肥肥猪成长到成年阶段，头上会出现心型标志，这时就可以进行培育配种。点击显示心型的肥肥猪，会看到培育资料和价格，每只猪的培育价格各不相同。培育时需要选择与自己猪猪配对的另一只猪猪，可以选择品种进行定向培育。
配种过程中可以使用基因变异药剂来促进猪猪的变异，从而获得特殊品种。放入肥肥馆分馆或机械车间的猪会停止生长，这为长期保留优质种猪提供了条件。肥肥馆分馆下还有可能发现绝世猪，培育后可以得到帝企鹅等稀有品种。一只成年公猪最多只能培育10次，这个限制需要玩家合理安排配种计划。
配种效率可以通过使用催产素来提升，这种道具能将母猪怀孕时间缩短12小时。每头猪每次养殖只能使用一次催产素，系统会在每天0:00重置使用次数。为了最大化利用，可以在0:00前给猪培育后立即注射催产素，然后在0:00后马上再使用一次，这样可以快速获得小猪。星级越高的猪种，养殖成本也相应越高，需要平衡投入与产出。
若用1星福仔和4星憨憨培育，后代可能是2星福仔或5星憨憨；而两只5星猪配对，后代仍会保持5星。这个机制说明高星级猪种需要逐步培育提升。当好友肥肥馆没有可配种的猪时，系统会提供一只哈利波波供玩家照顾，这为社交互动提供了便利。
培育出的小猪需要合理分配到肥肥馆分馆或机械车间保存，特别是对于稀有品种的母猪需要专门留种。通过持续优化配种策略，玩家可以逐步建立起高品质的猪种库，获得更好的养殖收益。整个配种过程需要耐心观察和记录，才能掌握不同猪种的培育特点和遗传规律。
